| Strain | GI_acc | Best_hit | Family |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557247 | Chldi_Chldi_CT083 | CT083 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557252 | Chldo_Chldo_IncB | Chldo_Chldo_IncB |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557281 | Chldi_Chldi_IncG | Chldi_Chldi_IncG |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557282 | Chldi_Chldi_IncA | INCAC |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557305 | Chldi_Chldi_CT143 | Chldi_Chldi_CT143 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557365 | Chldo_Chldo_Cpn0374 | Chldo_Chldo_Cpn0374 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557504 | Chldi_Chldi_CT338 | Chldi_Chldi_CT338 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557534 | Chldo_Chldo_Cpn0648 | Chldo_Chldo_Cpn0648 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557599 | Chldi_Chldi_CT429 | Chldi_Chldi_CT429 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557730 | Chldi_Chldi_CT550 | CT550 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557790 | Chldi_Chldi_CT606.1 | CPN0853 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557828 | Chldi_Chldi_CT642 | NLED |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557840 | Chldi_Chldi_CT652.1 | CPN0764 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557854 | Chldi_Chldi_CdsF | HRPY |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557910 | Chldi_Chldi_CT718 | CT718 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497557931 | Chldi_Chldi_YycJ | YYCJ |
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| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 497558165 | Chldi_Chldi_CT053 | Chldi_Chldi_CT053 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 498416762 | Chldo_Chldo_Cpn0774 | Chldo_Chldo_Cpn0774 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499643823 | Chldi_Chldi_CT082 | Chldi_Chldi_CT082 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499643827 | Chldi_Chldi_CopN | Chldi_Chldi_CopN |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499643834 | Chldi_Chldi_CT105 | Chldi_Chldi_CT105 |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499643844 | Chldi_Chldi_IncE | YOPT |
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| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499643874 | Chldi_Chldi_CT161 | Chldi_Chldi_CT161 |
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| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499644002 | Chldi_Chldi_CrpA | Chldi_Chldi_CrpA |
| Chlamydia trachomatis A_HAR-13 | 499644009 | Chldi_Chldi_Tarp | Chldi_Chldi_Tarp |
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