| Strain | GI_acc | Best_hit | Family |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604772 | Chldi_Chldi_CT053 | Chldi_Chldi_CT053 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604775 | Chldo_Chldo_Cpn0490 | Chldo_Chldo_Cpn0490 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604801 | Chldi_Chldi_CT082 | Chldi_Chldi_CT082 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604802 | Chldi_Chldi_CT083 | CT083 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604807 | Chldo_Chldo_IncB | Chldo_Chldo_IncB |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604808 | Chldi_Chldi_CopN | Chldi_Chldi_CopN |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604824 | Chldi_Chldi_CT105 | Chldi_Chldi_CT105 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604835 | Chldi_Chldi_IncE | YOPT |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604837 | Chldi_Chldi_IncG | Chldi_Chldi_IncG |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604838 | Chldi_Chldi_IncA | INCAC |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604861 | Chldi_Chldi_CT142 | Chldi_Chldi_CT142 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604862 | Chldi_Chldi_CT143 | Chldi_Chldi_CT143 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604880 | Chldi_Chldi_CT161 | Chldi_Chldi_CT161 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604923 | Chldo_Chldo_Cpn0374 | Chldo_Chldo_Cpn0374 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604944 | Chldi_Chldi_CT223 | INCAC |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604950 | Chldi_Chldi_CT229 | INCAC |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604953 | Chldo_Chldo_Cpn0026 | Chldo_Chldo_Cpn0026 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15604954 | Chldi_Chldi_IncC | INCC |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605009 | Chldi_Chldi_CT288 | Chldi_Chldi_CT288 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605061 | Chldi_Chldi_CT338 | Chldi_Chldi_CT338 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605089 | Chldo_Chldo_Cpn0648 | Chldo_Chldo_Cpn0648 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605097 | Chldi_Chldi_CT373 | HOPAZ |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605112 | Chldo_Chldo_Cpn0671 | Chldo_Chldo_Cpn0671 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605156 | Chldi_Chldi_CT429 | Chldi_Chldi_CT429 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605168 | Chldi_Chldi_CrpA | Chldi_Chldi_CrpA |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605183 | Chldi_Chldi_Tarp | Chldi_Chldi_Tarp |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605258 | Chldi_Chldi_Cap1 | CAP1 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605279 | Chldi_Chldi_CT550 | CT550 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605295 | Chldo_Chldo_Cpn0859 | Chldo_Chldo_Cpn0859 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605307 | Chldi_Chldi_CopB | COPB |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605308 | Chldi_Chldi_CopD | YOPBD |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605337 | Chldi_Chldi_CT606.1 | CPN0853 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605341 | Chldi_Chldi_CT610 | CT610 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605349 | Chldi_Chldi_CT618 | Chldi_Chldi_CT618 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605351 | Chldi_Chldi_CT621 | CT621 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605352 | Chldi_Chldi_CT621 | CT621 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605374 | Chldi_Chldi_CT642 | NLED |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605380 | Chldo_Chldo_Cpn0774 | Chldo_Chldo_Cpn0774 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605385 | Chldi_Chldi_CT652.1 | CPN0764 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605399 | Chldi_Chldi_CdsF | HRPY |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605427 | Chldi_Chldi_CT694 | CT694 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605428 | Chldi_Chldi_CT695 | CT695 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605429 | Chldi_Chldi_CTL0065 | Chldi_Chldi_CTL0065 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605445 | Chldi_Chldi_CT712 | CT621 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605451 | Chldi_Chldi_CT718 | CT718 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605471 | Chldi_Chldi_YycJ | YYCJ |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605582 | Chldi_Chldi_CT847 | Chldi_Chldi_CT847 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605583 | Chldi_Chldi_CT848 | CT848 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605584 | Chldo_Chldo_Cpn1020 | CT848 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605596 | Chldi_Chldi_CopD2 | COPD2 |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605597 | Chldi_Chldi_CopB2 | COPB |
| Chlamydia trachomatis D_UW-3_CX | 15605599 | Chldi_Chldi_CT863 | CT863 |
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