| Strain | GI_acc | Best_hit | Family |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557252 | Chldo_Chldo_IncB | Chldo_Chldo_IncB |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557730 | Chldi_Chldi_CT550 | CT550 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557790 | Chldi_Chldi_CT606.1 | CPN0853 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557840 | Chldi_Chldi_CT652.1 | CPN0764 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557854 | Chldi_Chldi_CdsF | HRPY |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557887 | Chldi_Chldi_CTL0065 | Chldi_Chldi_CTL0065 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557904 | Chldi_Chldi_CT712 | CT621 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557910 | Chldi_Chldi_CT718 | CT718 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497557931 | Chldi_Chldi_YycJ | YYCJ |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497558165 | Chldi_Chldi_CT053 | Chldi_Chldi_CT053 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497558274 | Chldo_Chldo_Cpn0374 | Chldo_Chldo_Cpn0374 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497558435 | Chldo_Chldo_Cpn0671 | Chldo_Chldo_Cpn0671 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497558791 | Chldo_Chldo_Cpn1020 | CT848 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497558928 | Chldi_Chldi_CT338 | Chldi_Chldi_CT338 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559075 | Chldi_Chldi_CT642 | NLED |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559080 | Chldo_Chldo_Cpn0774 | Chldo_Chldo_Cpn0774 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559270 | Chldi_Chldi_CT847 | Chldi_Chldi_CT847 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559272 | Chldi_Chldi_CT848 | CT848 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559281 | Chldi_Chldi_CopD2 | COPD2 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559282 | Chldi_Chldi_CopB2 | COPB |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559284 | Chldi_Chldi_CT863 | CT863 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559341 | Chldo_Chldo_Cpn0490 | Chldo_Chldo_Cpn0490 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559359 | Chldi_Chldi_CT082 | Chldi_Chldi_CT082 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559360 | Chldi_Chldi_CT083 | CT083 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559363 | Chldi_Chldi_CopN | Chldi_Chldi_CopN |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559376 | Chldi_Chldi_CT105 | Chldi_Chldi_CT105 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559387 | Chldi_Chldi_IncE | YOPT |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559389 | Chldi_Chldi_IncG | Chldi_Chldi_IncG |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559390 | Chldi_Chldi_IncA | INCAC |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559406 | Chldi_Chldi_CT142 | Chldi_Chldi_CT142 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559407 | Chldi_Chldi_CT143 | Chldi_Chldi_CT143 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559424 | Chldi_Chldi_CT161 | Chldi_Chldi_CT161 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559468 | Chldi_Chldi_CT223 | INCAC |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559473 | Chldi_Chldi_CT229 | INCAC |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559476 | Chldi_Chldi_IncC | INCC |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559518 | Chldi_Chldi_CT288 | Chldi_Chldi_CT288 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559574 | Chldo_Chldo_Cpn0648 | Chldo_Chldo_Cpn0648 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559581 | Chldi_Chldi_CT373 | HOPAZ |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559621 | Chldi_Chldi_CT429 | Chldi_Chldi_CT429 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559628 | Chldi_Chldi_CrpA | Chldi_Chldi_CrpA |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559693 | Chldi_Chldi_Cap1 | CAP1 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559720 | Chldo_Chldo_Cpn0859 | Chldo_Chldo_Cpn0859 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559728 | Chldi_Chldi_CopB | COPB |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559729 | Chldi_Chldi_CopD | YOPBD |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559764 | Chldi_Chldi_CT618 | Chldi_Chldi_CT618 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559766 | Chldi_Chldi_CT621 | CT621 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 497559767 | Chldi_Chldi_CT621 | CT621 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 498416778 | Chldi_Chldi_CT695 | CT695 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 501220756 | Chldo_Chldo_Cpn0026 | Chldo_Chldo_Cpn0026 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 503750819 | Chldi_Chldi_CT610 | CT610 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 503750835 | Chldi_Chldi_CTL0063 | CT694 |
| Chlamydia trachomatis L2c | 503750841 | Chldi_Chldi_Tarp | Chldi_Chldi_Tarp |
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